肾穿刺活体组织检查的禁忌症主要有：
1、有出血倾向者，如采用抗凝药物治疗、伴有全身出血性疾病、肾功能衰竭有出血倾向、血液透析、因采用肝素化易于出血者等。
2、因血管因素如高龄重度动脉硬化、高血压（血压在160∕110毫米汞柱以上者）、肾动脉瘤等。
3、肾内有结核、脓肿或者邻近器官有感染时不宜进行。
4、肾肿瘤、多囊肾不宜进行。
5、独立肾或者严重肾缩小者不宜进行。
6、全身状况不允许者，如妊娠期、过度肥胖、年迈体弱、精神异常或极不配合者、大量腹水者等。
　　采用肾穿刺活体组织检查法对诊断和治疗最有帮助的肾脏病是：肾病综合征、不明原因的蛋白(蛋白补充产品，蛋白补充资讯)尿或肾小球源性血尿、肾小管--间质病变、继发性肾炎中的狼疮性肾炎、结节性多动脉炎引起的肾脏损害、肾移植后又怀疑原发病复发或有排斥反应者。可能有帮助的是：糖尿病(糖尿病产品，糖尿病资讯)肾病、肾小球疾病而肾功能损害较快、急性血管疾病的肾损害、妊娠肾病、尿酸性肾病、急性而快速发展的肾小球肾炎、原因不明的急性肾功能衰竭。急性肾小球肾炎多为自限性疾病，一般不主张采用肾穿刺活体组织检查，只有经治疗2～3个月后，病情仍未缓解，怀疑转为慢性肾炎时，方考虑采用该方法，以明确诊断。
　　肾穿刺活体组织检查法常见的并发症是出血，包括尿血和肾周围血肿、腰痛、动静脉痿以及肾破裂、腹痛、偶发感染、误伤其它脏器等。为了避免此类并发症的发生，除了医生及护士应进行严格认真的术前各项准备，认真了解患者的状况，排除禁忌症之外，病人亦应当在术前与术后积极配合。病人在术前应消除顾虑，积极配合，练习憋气，在床上解大小便，保持稳定的情绪。术中应当严格按医生、护士的要求配合，术后应严格卧床休息24小时，应当平卧、不活动、多饮水，对24小时后仍有肉眼血尿者应当继续卧床休息3天。在1周内应少活动、3个月内不剧烈活动和进行体力劳动。