在临床上，偏头痛与某些癫痫类型，特别是自主神经性癫痫有许多相似之处，如都具有发作性，都可有先兆、恶心、呕吐、头痛、脑电图异常等。尽管如此，二者在病理生理及发病机制中都截然不同，应该加以区别。

    两者鉴别要点如下： 

    ① 偏头痛多有该病阳性家族史，而癫痫一般无偏头痛阳性家族史。

    ② 头痛性癫痫多急骤发病，以颞部及额部多见，常为双侧性，伴有其他自主神经症状。偏头痛发生相对缓慢，多有触发因素，典型者先兆之后出现一侧搏动性跳动。

    ③ 偏头痛与癫痫均可有脑电图异常，但癫痫多为阵发性痫性放电波，如棘波、棘 - 慢波综合等。而偏头痛间歇期的脑电图虽可有局灶性慢波和中颞尖波，但出现在头痛同侧，且入睡后往往消失。这与癫痫的典型尖波并出现在头痛对侧不同。偏头痛在发作期脑电图没有改变或显示背景波节律减慢，而癫痫却有明显的痫性放电。 

    ④ 试验治疗：有些患儿确实鉴别困难，可试用抗偏头痛的药物治疗。